Mission Marseille 2008

Chef de mission : Thierry Pérez. Organisation assurée par le partenaire 5 DIMAR. Bonne organisation qui a permis de pallier l’absence de plusieurs plongeurs prévus à l’origine. Logistique : navire du C.O.M. l’Armandia avec Bernard Deligondes en pilote et Kangoo. Les sites prospectés nécessitaient des sorties d’une demi-journée. Plusieurs personnes sont venues successivement pour aider au conditionnement du matériel prélevé. Télécharger le compte rendu complet

Mission Crète 2008

Les participants de la mission : Thanos Dalianis, Thierry Pérez, Maia Fourt, Pierre Chevaldonné, Alexander Ereskovsky, Clarisse Lejeune et Delphine Bry Une mission excellente, avec de bonnes conditions météo et une organisation sans failles.  Des paysages sous-marins exceptionnels, une eau limpide et des grottes intéressantes.  Une biodiversité en invertébrés fixés apparemment moins riche qu’en Méditerranée nord occidentale, mais de nombreuses curiosités qu’il conviendra d’étudier plus en profondeur. Parmi les espèces les plus récurrentes, on note la dominance des éponges Agelas oroides et Spirastrella sp. (espèce à déterminer). Un point faible de l’échantillonnage, la rareté des anthozoaires modèles du programme, certainement distribués plus en profondeur (exploration limitée à 50 m durant cette mission). Les grandes ascidies sont également très discrètes. Télécharger le compte rendu complet

Cours de biologie et écologie marine ECIMAR

Initiation à la biologie et à l’écologie des modèles d'ECIMAR
	Cette semaine de formation s’est déroulée du 30 juin au 4 juillet 2008 à la Station Marine d’Endoume à Marseille. Plus d’une dizaine d’intervenants se sont relayés, chacun apportant ses connaissances à la quinzaine de participants essentiellement issus des laboratoires impliqués dans le programme ECIMAR. Presque tous les laboratoires ECIMAR étaient représentés.
Les frais d’hébergement et de déplacement ont été pris en charge par les laboratoires respectifs à l’exception des repas de midi qui ont été cofinancés par DIMAR (Marseille), le LCMBA (Nice) et la formation permanente du CNRS de la DR12.

Points à traiter en vue de la réunion BDD du

SOMMAIRE

1 - Etat des lieux
2 - L'entité Chimiodiversité / Molécules
3 - Valorisation du contenu

 1 - Etat des lieux

Dynamique créée autour du groupe espèce - échantillons 

Statistiques générales du site (le 22/04/2008) :

Personnes 

•  nombre d'inscrits sur le CMS : 25
•  nombre d'inscrits dans la BDD : 52
•  tableau des personnes inscrites dans la base, présentes ou non dans le CMS

Especes

• nombre d'espèces total : 79
• espèces entrées par groupe : Annélides (2), Ascidies (6), Bryozoaires (6), Cnidaires (11), Eponges (54)

SQL : SELECT meta_enum_libelle, COUNT(*) FROM espece
LEFT JOIN meta_enum ON meta_enum.ID_meta_enum = espece.esp_groupe
GROUP BY espece.esp_groupe ORDER BY meta_enum_libelle

• nombre d'échantillons : 235
• nombre d'échantillons par groupe : Annélides (3), Ascidies (17), Bryozoaires (11), Cnidaires (26), Eponges (176), Non déterminé (2)

SQL : SELECT meta_enum_libelle, COUNT(*) FROM echantillon
LEFT JOIN espece ON echantillon.ID_espece = espece.ID_espece
LEFT JOIN meta_enum ON meta_enum.ID_meta_enum = espece.esp_groupe
GROUP BY espece.esp_groupe ORDER BY meta_enum_libelle

• nombre d'échantillons par espèce : Fichier joint

SQL : SELECT meta_enum_libelle, esp_genre, esp_espece, esp_statut_modele, COUNT(*) AS nb FROM echantillon
LEFT JOIN espece ON echantillon.ID_espece = espece.ID_espece
LEFT JOIN meta_enum ON meta_enum.ID_meta_enum = espece.esp_groupe
GROUP BY CONCAT(espece.esp_genre,espece.esp_espece) ORDER BY nb DESC, meta_enum_libelle ASC, esp_genre ASC, esp_espece ASC

•   espèces pour lesquelles il manque des illustrations :

• Pseudocorticium jarrei
• Oscarella imperialis
• Oscarella viridis
• Aplysina sp
• Mycale sp
• Hermodice carunculata
• Aplidium conicum
• Pseudodistoma obscurum
• Omalosecosa ramulosa
• Pentapora sp.
• Astroides calycularis
• Eunicella labiata
• Eunicella verrucosa
• Aplysina sp ceuta
• Axinella sp ceuta
• Cliona viridis
• Dysidea pallescens
• Ircinia sp
• Petrosia sp
• Haliclona sp
• Phorbas fictitius

Enjeu poursuivre cette dynamique sur le groupe molécule

2 - Chimiodiversité / Molécules

souces  : JMK Banuyls, OT Nice (fichier pdf exercice : e-compose)

Tour d'horizon des champs prévus dans la fiche de détail "molécules" et des onglets.

Voir questions posées par Gérald CULIOLI

document word : 080422_gerald_culioli

Pertinence du découpage des champs  ?

• plusieurs spectres, RMN, chromato
• codification spéciale pour les molécules à l'image de ce qui a été fait pour les échantillons (extrait des champs lieux ? espèces types ? découvreur ? date ?). Est-ce une pratique courante
• discuter des énumérations (Modèle de laboratoire, RMN/Type ?, RMN/Solvant, ...)

• gestion des informations de ce qui est fait sur la molécule : qui réalise les opérations (personne, labo ?), la date

• sous quelle forme sera fournie à la communauté scientifique l'information sur cette molécule ?

•  Notion de molécules proches ?

 3 - Valorisation et mise en forme du contenu

Plusieurs axes de lecture ...

Exemple d'une fiche "espèce", basée sur la mise en valeur des photos in situ des échantillons

voir par exemple Parazoanthus  axinellae

Exemple d'une fiche "lieu", basée sur la mise en valeur de la géolocalisation / carte dynamique

voir par exemple Riou, Impérial du milieu (Marseille)

Exemple de statistique "dynamique", le nombre d'espèces traitées par groupe

•  Identifier les requêtes types qui pourraient être demandées et de leur mise en forme.

• Premier niveau d'extraction des données -> export des données issues de sélections faites sur la base dans un format tableur.

Exemple : personnes_export_brut

N.B. développement qui reste à faire : mise au point d'une routine qui transforme à la volée les ID (énumérations) en leur libellés respectifs

En se basant sur les documents déjà édités (cf. rapport et pdf sur le site - statistisques, cartes, tableaux)

• quelles présentations des données faciliteraient le travail des administrateurs
• cf. doc missions 2008 TP, comment un tel document pourrait être automatisé, modèles de fiches "type" ?
• identifier les parties de ce type de documents qui pourraient être automatisées
• identifier les informations dans la base qui permettraient de faire cette automatisation 

N.B. Intérêt pour la création de documents dans plusieurs langues

• idem pour les chercheurs